Département Halietique (D.H)
Ce département a pour rôle d'effectuer:
- Les recherches sur les espèces exploitées et exploitables en vue de developper et de rationaliser leur mise en valeur.
- Les recherches nécessaire à l'amelioration des engins et des techniques de captures.
Il est chargé en outre de rassembler, d'exploiter et d'interpréter les statistiques de pêches pour le compte de l'Administration halieutique.
Département d'Oceanographie Physique et Chimie(D.O.P.C)
Ce département a pour rôle d'effectuer:
- Les recherches relatives aux propriétés physico-chimiques de l'eau de mer en vue de concourir au développement et à la rationalisation de l'exploitation de diverses ressources biologique marines
- Les recherches nécessaires en vue de l’explicitation de l’énergie thermique et mécanique développé.
- Les recherches relatives a la pollution chimique et radioactive du milieu marin.
- Les analyses chimiques, pour contrôler, des produits marins transformés et qui sont consommés sur le territoire malgache.
- Les recherches relatives à l’amélioration du traitement et la transformation des produits marins.
Département de Géologie Marine (D.G.M)
Les recherches menées concerneront :
- L’exploitation des ressources minérales du fond et du sous-sol marins
- L’amènagement et la protection du littoral.
Département d'Oceanographie Biologieque (D.O.B)
Ce département a pour rôle d’effectuer :
- Les recherches sur l’environnement biologique des espèces marins exploitées et exploitable en vue de concourir au développement et à la rationalisation de l’exploitation de celle-ci.
- Les recherches relatives à la protection du patrimoine biologique marin.
- Les recherches sur les processus de détermination de divers matériaux dans l’eau de mer en vue d’identifier leurs moyens de protection.
- Les recherches relatives a la pollution bactériologique du milieu marin.